Bên cạnh đó, UBND tỉnh giao trách nhiệm cho Sở Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp Sở Nông nghiệp và PTNT, UBND thành phố Tuy Hòa thanh lý hợp đồng thuê đất khu sản xuất giống thủy sản Bình Kiến, tham mưu UBND tỉnh chủ trương bàn giao khu đất dự án cho UBND TP Tuy Hòa quản lý, cho thuê theo quy định. Sở Kế hoạch và Đầu tư rà soát lại việc cấp giấy phép đăng ký kinh doanh trong lĩnh vực nuôi trồng thủy sản, nếu doanh nghiệp nào không lập thủ tục đầu tư theo đúng quy định thi thu hồi giấy phép kinh doanh, thông báo cho các cơ quan biết để thực hiện chức năng quản lý ngành. Sở Lao động-Thương binh và Xã hội kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ việc ký kết hợp đồng lao động giữa chủ sử dụng lao động và người lao động theo đúng quy định Bộ Luật Lao động và các văn bản hiện hành. Công an tỉnh tiến hành kiểm tra và xử lý vi phạm hành chính các doanh nghiệp, cơ sở có sử dụng lao động người nước ngoài nhưng không khai báo tạm trú theo quy định; hướng dẫn các cơ sở thực hiện tốt việc khai báo tạm trú theo quy định; đồng thời, hướng dẫn các cơ sở thực hiện tốt việc khai báo khi có người đến làm việc; thực hiện tốt công tác quản lý nhà nước về xuất nhập cảnh đối với người nước ngoài khi đến làm việc tại Phú Yên; Bộ chỉ huy Biên phòng tỉnh thực hiện quản lý chặt chẽ lao động nước ngoài làm việc trên các bè nuôi trồng thủy sản, kiên quyết không cho người nước ngoài làm việc trên bè nuôi thủy sản khi chưa được cơ quan có thẩm quyền cấp phép; quản lý tốt tàu cá thu mua hải sản ra vào các vùng nước của tỉnh.

UBND tỉnh giao UBND huyện Đông Hòa rà soát thủ tục hành chính nào không còn phù hợp thì thu hồi, thanh lý hợp đồng thuê đất với các cá nhân là chủ Công ty Toàn Minh Phát, Công ty Thủy sản Đại Lộc, Công ty Phước Tịnh và Cơ sở cá mú Quách Kiều; hướng dẫn các tổ chức này lập thủ tục đầu tư trình cơ quan có thẩm quyền xem xét, cho thuê đất nuôi trồng thủy sản theo đúng quy định của pháp luật. Chủ tịch UBND các huyện Đông Hòa, Tuy An, thị xã Sông Cầu và thành phố Tuy Hòa tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra việc quản lý, sử dụng đất, mặt nước nuôi trồng thủy sản, tránh tình trạng chiếm đất nuôi trồng thủy sản trái phép.