Theo đó, nội dung phối hợp bao gồm: công tác xây dựng quy hoạch, kế hoạch, đề án; Công tác tuyên truyền phổ biến pháp luật, chính sách y tế; Quản lý chuyên môn, nghiệp vụ; Phối hợp về công tác thanh tra, kiểm tra; Phối hợp trong công tác thi đua khen thưởng, kỷ luật; Quản lý về cơ sở vật chất, nhân lực,...

Cụ thể, Sở Y tế có trách nhiệm tham mưu UBND tỉnh trong việc xây dựng quy hoạch, các chương trình, đề án và các kế hoạch dài hạn, trung hạn, ngắn hạn phát triển sự nghiệp y tế trên địa bàn tỉnh; Trực tiếp tổ chức, triển khai và giám sát việc thực hiện sau quy hoạch, chương trình, đề án, kế hoạch đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. UBND cấp huyện chỉ đạo Phòng Y tế phối hợp với các cơ quan, đơn vị có liên quan tham mưu UBND cấp huyện trong việc thực hiện xây dựng quy hoạch, kế hoạch, đề án phát triển y tế và dân số - kế hoạch hóa gia đình dài hạn, trung hạn, ngắn hạn trên địa bàn huyện và thực hiện chức năng thanh tra, kiểm tra, giám sát thực hiện quy hoạch, kế hoạch, đề án đã được phê duyệt.

Về quản lý chuyên môn, nghiệp vụ, Sở Y tế có nhiệm vụ ban hành theo thẩm quyền những quy định về chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ y tế trên cơ sở quy định chung của Nhà nước và Bộ Y tế; Chỉ đạo, quản lý và tổ chức thực hiện các hoạt động chuyên môn nghiệp vụ công tác y tế, bao gồm: y tế dự phòng; các Chương trình mục tiêu quốc gia; khám chữa bệnh; phục hồi chức năng; y học cổ truyền; thuốc phòng bệnh, chữa bệnh cho người; mỹ phẩm; an toàn vệ sinh thực phẩm; trang thiết bị y tế; dân số - kế hoạch hóa gia đình; bảo hiểm y tế trên địa bàn tỉnh. UBND cấp huyện có trách nhiệm chỉ đạo các ngành, các cấp trên địa bàn phối hợp triển khai thực hiện những quy định về chuyên môn, nghiệp vụ y tế, dân số - kế hoạch hóa gia đình do Bộ Y tế, UBND tỉnh ban hành và hướng dẫn của Sở Y tế.

Phối hợp về công tác thanh tra, kiểm tra, Sở Y tế có trách nhiệm xây dựng kế hoạch và tổ chức thực hiện thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm và giải quyết khiếu nại tố cáo trong lĩnh vực y tế theo quy định của Luật Phòng, chống tham nhũng. Luật Thực hành tiết kiệm, chống tham ô lãng phí và các quy định về chuyên môn y tế do Bộ Y tế quy định. UBND cấp huyện có trách nhiệm chỉ đạo Phòng Y tế xây dựng kế hoạch và tổ chức thực hiện kiểm tra, thường xuyên hoặc đột xuất về y tế trên địa bàn, đồng thời phối hợp với Sở Y tế trong việc thực hiện kế hoạch về thanh tra, kiểm tra của ngành Y tế.

Phối hợp trong công tác thi đua khen thưởng, kỷ luật, việc bình xét thi đua hàng năm ở các đơn vị y tế tuyến huyện thực hiện theo quy định của Luật Thi đua khen thưởng; những danh hiệu thi đua, hình thức khen thưởng đối với tập thể, cá nhân đề nghị Ủy ban nhân dân tỉnh, Bộ Y tế, Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch Nước khen thưởng phải được Ủy ban nhân dân huyện hiệp y bằng văn bản. Việc xử lý kỷ luật đối với cán bộ, viên chức về mặt chính quyền ở các đơn vị y tế tuyến huyện do Sở Y tế thực hiện theo quy định của pháp luật Nhà nước hiện hành. Trước khi thi hành đối với các chức danh Giám đốc, Phó Giám đốc Bệnh viện đa khoa huyện, Trung tâm Y tế huyện, Trung tâm dân số - kế hoạch hóa gia đình huyện, Sở Y tế cần trao đổi thống nhất bằng văn bản với Ủy ban nhân dân huyện.

Quản lý về cơ sở vật chất, nhân lực, Sở Y tế quản lý toàn diện đối với các đơn vị y tế tuyến tỉnh, các đơn vị y tế tuyến huyện và trạm y tế xã (kể cả nhân viên y tế thôn, bản), Sở Y tế giao cho lãnh đạo các đơn vị trực thuộc có trách nhiệm quản lý và sử dụng có hiệu quả những cơ sở vật chất, phương tiện, trang thiết bị y tế, nhân lực đã được nhà nước và Ủy ban nhân dân tỉnh phân cấp theo quy định hiện hành. Hướng dẫn, đôn đốc các đơn vị y tế thực hiện các quy định, quy chế, tiêu chuẩn, quy phạm, định mức kỹ thuật, định mức kinh tế đã được Nhà nước, Bộ Y tế, UBND tỉnh ban hành.

UBND cấp huyện được điều động theo thẩm quyền về nhân lực, phương tiện, trang thiết bị y tế của các đơn vị trên địa bàn để phục vụ cho công tác phòng chống dịch bệnh, phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra về y tế tại địa phương sau khi có sự thống nhất bằng văn bản với Sở Y tế. Trường hợp có thiên tai, thảm họa, lũ lụt, bão khẩn cấp ảnh hưởng đến tính mạng con người thì Ủy ban nhân dân huyện được quyền điều động mà không cần thống nhất bằng văn bản với Sở Y tế và báo cáo sau. Chỉ đạo các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân huyện và Ủy ban nhân dân các xã, phường, thị trấn kiểm tra, giám sát theo thẩm quyền về công tác xây dựng, cải tạo, nâng cấp các cơ sở y tế trên địa bàn huyện; đồng thời hỗ trợ kinh phí theo khả năng của ngân sách địa phương để đầu tư xây dựng, sửa chữa, nâng cấp các cơ sở y tế trên địa bàn huyện, các Trạm y tế và thực hiện tốt chuẩn quốc gia về y tế xã.

Đối với công tác cán bộ, thực hiện theo phân cấp của UBND tỉnh Phú Yên, Sở Y tế bổ nhiệm, miễn nhiệm các chức danh Giám đốc, Phó Giám đốc Bệnh viện đa khoa huyện, Trung tâm Y tế huyện, Trung tâm dân số - kế hoạch hóa gia đình huyện sau khi có văn bản hiệp y của Thường trực Huyện ủy; bổ nhiệm, miễn nhiệm các chức danh Trưởng, Phó Trạm y tế sau khi có văn bản hiệp y của Thường trực Đảng ủy xã, phường, thị trấn. UBND cấp huyện bổ nhiệm, miễn nhiệm chức danh Trưởng phòng, Phó Trưởng Phòng y tế.